Für die Codierung Ihrer Bild- und Datendateien verwendet Blubox verschiedene benutzerkonfigurierbare Kompressionsfilter und legt die Dateien in einer sicheren Blubox-Archivdatei (einer so genannten „Blubox“) ab. Blubox erkennt den Typ der importierten Dateien und wählt das jeweils beste Kompressionsverfahren für jeden Datentyp. Die Daten können optional kennwortverschlüsselt werden. Damit können sie komprimiert und absolut sicher abgelegt werden, bis sie erneut in ihr ursprüngliches Format zurückexportiert werden müssen. Sie können Ihre Bilder allerdings durchaus anzeigen und drucken, auch wenn sie sich noch in einem Blubox-Archiv befinden. Verwenden Sie dazu einfach das Blubox-Programm oder den kostenlosen Blubox-Viewer.
Blubox bestimmt eigenständig, ob es sich bei der importierten Datei um eine Bilddatei handelt, und führt die Bildkompression in Übereinstimmung mit den vom Benutzer definierten Einstellungen durch. Alle anderen Dateien werden per Binärkompression komprimiert. Hierbei handelt es sich um den von den gängigen Zip-Programmen verwendeten Kompressionstyp.

Standardmäßig greift Blubox für die Kompression von Dateidaten auf einen von Xceed bereitgestellten Algorithmus zur Binärkompression zurück (http://www.xceed.com). Bei dieser Art der Kompression wird versucht, wiederkehrende Muster in den Daten zu identifizieren und diese durch einmalige, kürzere Muster zu ersetzen. Die komprimierten Daten enthalten ein Verzeichnis der ursprünglichen Muster sowie der entsprechenden Ersatzmuster. Dekompression bedeutet dann lediglich die Umkehrung der in diesem Verzeichnis enthaltenen Ersetzungen.
Da komprimierte Daten aus einer Reihe kurzer, einmaliger Muster bestehen, ergibt sich bei einer erneuten Kompression derselben Daten häufig eine vernachlässigbare bis unerwünschte Wirkung. Der grundlegende Vorteil der Binärkompression besteht darin, dass sie auf jeden beliebigen Datentyp angewendet werden kann. Allerdings lassen sich manche Datentypen besser komprimieren als andere. Die Kompression von Text- und Dokumentdateien gestaltet sich problemlos, da sie in der Regel hoch redundante Wertefolgen enthalten (z. B. Wörter und Sätze). In Bezug auf Multimedia-Daten (Bilder, Videos, Musik) erweist sich die Binärkompression jedoch als unzulänglich, da Multimedia-Daten normalerweise eine Vielzahl verschiedener, willkürlicher Werte enthalten, die sich der Wirkung dieses Kompressiontyps entziehen. Bei einer absolut willkürlichen Wertegruppe wäre demnach überhaupt keine Kompression möglich, da der Kompressionsmechanismus in diesem Fall keinerlei Muster für einen Ersetzungsvorgang würde identifizieren können.
Zur Erfassung der einmaligen Eigenschaften von Multimedia-Daten wurden verschiedene Kompressionstypen entwickelt. Die zwei wichtigsten Methoden der Kompression von Bilddaten sind DCT (Discrete Cosine Transform) und Wavelet, durch die eine wesentlich effizientere Kompaktierung als bei der Binärkompression erzielt werden kann. Bei der Bildkompression wird in erster Linie die Tatsache genutzt, dass ein Bild bis zu einem gewissen Grad verändert werden kann und dabei nach wie vor dieselben Informationen bzw. denselben Inhalt übermittelt wie das Originalbild. Das menschliche Auge verarbeitet lediglich einen Teil der ihm vorgelegten Detailinformationen, sodass eine „visuell verlustfreie“ Darstellung der Originaldaten mit nur einem Bruchteil der ursprünglichen Größe erzeugt werden kann.
Blubox greift auf Wavelet- und DCT-basierte Kompressionsverfahren zurück, bei der direkt nebeneinander liegende Pixel einer ähnlichen Farbe zu einer Gruppe von Pixeln der genau gleichen Farbe zusammengefasst werden. Dieser Vorgang wird wiederholt für das gesamte Bild durchgeführt. Dadurch entstehen lange Muster in Form von Blöcken gleichfarbiger Pixel, wodurch sich das Bild wesentlich besser zur Kompression eignet. Der Mechanismus der Bildkompression kann in vielen Fällen konfiguriert werden. So kann z. B. vorgegeben werden, bis zu welchem Punkt der Algorithmus eine Gruppe von Pixeln als ausreichend ähnlich einstuft, um sie in einem Block zusammenzufassen. Eine grobe Einstellung ermöglicht die Kompression breiterer, leichter komprimierbarer Blöcke, wohingegen strengere Vorgaben zur Erzeugung kleinerer Blöcke führen. Bei diesem Kompressionsverfahren wird zwangsläufig ein bestimmter Informationsgehalt aus dem Bild ausgegrenzt. Deshalb wird dieses Verfahren als „Kompression mit Verlust“ bezeichnet, da im Verlauf des Kompressionsprozesses einige Bildinformationen verloren gehen.